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Ce support de cours est à corréler et complète la matière de biochimie microbienne L3 Microbiologie Appliquée et aussi la matière de Systématique Bactérienne du même niveau de formation. Il s'articule autour de l’étude du métabolisme énergétique des microorganismes permettant notamment de connaître et comprendre les mécanismes biochimiques impliqués et empruntés par les microorganismes pour la dégradation ainsi que la biosynthèse des principaux composés organiques.

Le support de cours est présenté en deux parties; le catabolisme microbien puis l'anabolisme microbien.

Après une introduction et des généralités, le catabolisme microbien  des glucides est détaillé, suivi de celui des protéines, des lipides et enfin des alcools et acides organiques. Un chapitre est consacré aux fermentations microbiennes, 

La seconde partie du cours concerne l'anabolisme des glucides, des acides aminés et protéines et des base puriques et pyrimidiques. Le dernier cours est consacré à l'anabolisme microbien des lipides.

Suite à ce cours, l'étudiant sera à même de comprendre les différents types trophiques et respiratoirs distinctifs des microorganismes et les caractérisant.