Génomique structurale et protéomique consiste à l'analyse de la structure des gènes et autres parties du génome. Elle contribue à l'annotation des génomes et à l'identification des séquences informatives (les gènes avec ou sans introns codant des protéines ou des ARN fonctionnels, les séquences régulatrices, les séquences répétées, les éléments transposables, ...).