L’approche phylogénétique classique des marqueurs supplémentaires de l’évolution afin de prendre en compte de façon plus globale les échanges et interactions entre les micro-organismes. L’utilisation des molécules portant l‘information génétique pour l‘inférence phylogénétique (à savoir les gènes ou les molécules issues de l‘expression des gènes (protéines et ARN)), Des mesures de distances phylogénétiques avaient déjà été construites sur la base de petits polypeptides tels que les hémoglobines ou le cytochrome c, mais pas sur l‘ensemble du vivant et à partir de mesures d‘hybridation des  gènes codant les ARN ribosomiques mais de façon peu précise. En trouvant un moyen d‘analyser la séquence assez longue des ARN  ribosomiques, on a pu appliquer la méthode d‘analyse sur tout organisme vivant.